Les élèves de musikene peuvent opter, selon que leur lieu de résidence est établi dans la Communauté Autonome du Pays Basque ou non, aux diverses aides publiques concédées par le Gouvernement Basque et le Gouvernement Central, entre autres.

Le Département d’Éducation, des Universités et de la Recherche du Gouvernement Basque ainsi que le Ministère de l’Éducation disposent de sections sur leurs sites web respectifs qui offrent toute l’information spécifique concernant les conditions requises pour pouvoir prétendre à ces aides. Outre l’exemption du paiement des droits d’inscription, il existe des aides spécifiques pour la mobilité et le matériel didactique.

Une fois remplis les formulaires de demande, musikene se charge de leur gestion auprès des administrations compétentes.