Musikeneko matrikularen prezioa kreditu-eskemaren arabera dago antolatua, unibertsitate-eremuan ezarrita dagoen bezalaxe. 2007-2008 ikasturtean, ikasle berrien kasuan, kreditu bakoitzeko prezioa 21,5 € da.

2006-2007 ikasturtean Musikeneko ikasle izandakoen kasuan, kreditu bakoitzeko prezioa 19,70 € izango da lehenengo matrikulan, eta bigarrenean eta hurrengoetan 25,6 €.

Matrikularen prezio osoa ezartzeko, ikasitako espezialitateko irakasgaien kreditu kopurua hartzen da kontuan: nahitaezkoak, hautazkoak eta aukera librekoak batuta