Musikeneko matrikularen pezioak unibertsitate esparruan ezarritako kretiuen eskema  jarraitzen du. 2010-2011 ikasturtean, 2., 3., 4. eta 5. mailako ikasleentzat prezioa 24€ kredituko izango da lehenengo matrikulazioan; bigarren eta hurrengo matrikulentzat, prezioa 34,32€  kredituko izango da. 1. mailako ikasleek prezio berbera ordainduko dute matrikulatzen diren ECTS kreditu bakoitzeko.

Musikene 2006-2007 ikasturtetik ikasten ari diren ikasleentzat, prezioa 21,67€  kredituko izango da lehenengo matrikulan eta 31€ bigarren eta hurrengoetan.