El precio de la matrícula en Musikene sigue el esquema de créditos establecido en el ámbito universitario. En el curso 2010-2011, el precio por crédito para los alumnos de 2º, 3º, 4º y 5º cursos será de 24 € en primera matriculación; para segundas o sucesivas matrículas, el precio del crédito será 34,32 €. Los alumnos de 1º pagarán el mismo precio por cada crédito ECTS que matriculen.

Para los alumnos que ya vinieran cursando sus estudios en Musikene desde el curso 2006-2007, el precio por crédito será de 21,67 € en primera matrícula y de 31 € en segunda y sucesivas matrículas.