El alumnado de musikene, puede optar, dependiendo de si su residencia radica en el territorio de la CAPV o no, a las distintas ayudas públicas que conceden el Gobierno Vasco y el Gobierno central, entre otras.

Tanto el Departamento de Educación, Universidades e Investigación del Gobierno Vasco como el Ministerio de Educación disponen de secciones en sus respectivas páginas web donde se puede obtener información específica sobre los requisitos que se exigen para ser beneficiario de estas ayudas. Además de la exención del pago de la matrícula existen ayudas específicas para movilidad y material didáctico.

Una vez cumplimentadas las solicitudes, musikene se encarga de tramitar las mismas ante las administraciones competentes.